分为下面几个步骤来解决这个问题：
1、mysql运行正常，也有可能是同步设置问题导致
2、如果mysql运行正常，那就是php的一些sql语句导致问题发现，用root用户进入mysql管理
mysql -u root -p
输入密码
mysql:show processlist 语句，查找负荷最重的 SQL 语句，优化该SQL，比如适当建立某字段的索引。
通过这个命令看到原来是有人恶意刷搜索。

解决 MYSQL CPU 占用 100% 的经验总结 

在my.ini 中

[mysqld] 
tmp_table_size=200M 

增加 tmp_table_size 值。mysql 的配置文件中，tmp_table_size 的默认大小是 32M。如果一张临时表超出该大小，MySQL产生一个 The table tbl_name is full 形式的错误，

如果你做很多高级 GROUP BY 查询，增加 tmp_table_size 值。